Bilangan kaedah yang tersedia untuk analisis asid amino C-terminal adalah jauh lebih kecil daripada bilangan kaedah yang tersedia untuk analisis N-terminal. Kaedah yang paling biasa ialah menambah karboksipeptidase kepada larutan protein, mengambil sampel pada selang masa yang tetap, dan menentukan asid amino terminal dengan menganalisis plot kepekatan asid amino terhadap masa. Kaedah ini akan sangat berguna dalam kes polipeptida dan terminal N yang disekat protein. Penjujukan terminal C akan sangat membantu dalam mengesahkan struktur utama protein yang diramalkan daripada jujukan DNA dan untuk mengesan sebarang pemprosesan pasca translasi produk gen daripada jujukan kodon yang diketahui.